Durante su larga trayectoria en el departamento de Territorio de la Generalitat de Catalunya, Prat ha ocupado varios cargos, como subdirector general de Programación y Ejecución, jefe del Servicio de Movilidad de Tierras de l’Ebre o subdirector general de planificación y proyectos.
En estas diferentes etapas ha participado e impulsado proyectos tanto del ámbito del transporte público como proyectos de mejora de la red viaria, como la ampliación de la C58 entre Terrassa y la AP7, y la ampliación de la C17 entre Granollers y Parets.