El Departamento de Transportes y Movilidad Sostenible, dirigido por Miguel Angel Gómez Viar, dispone de dos direcciones generales que se corresponden con esos ámbitos de gestión; transportes y movilidad sostenible. Asimismo se adscribe a este departamento la sociedad foral Aparkabisa.
Aparkabisa, el Centro de Transportes de Bizkaia, lleva más de 25 años ligado a la construcción y gestión en Bizkaia de centros de transporte y aparcamientos de vehículos pesados, siendo una referencia en el ámbito de la logística y del transporte y ofrece unas instalaciones estratégicamente situadas y unos servicios altamente cualificados y valorados.