Por terminales, el Muelle Juan Carlos I, donde opera APMT Algeciras operó 74 megaships, mientras que en el Muelle de Isla Verde Exterior, donde se ubica la semiautomática TTI Algeciras, operaron 25. En 2014 la naviera Maersk Line confió sus megaships al Puerto de Algeciras y en 2015 también lo hicieron MSC y CMA CGM. De esta forma, 60 de los megaships operados en 2015 en el Puerto de Algeciras fueron los "Triple E" de Maersk Line, a los que siguió en número CMA CGM con 20, y MSC con 19 escalas. El primer megaship escaló en pruebas en el puerto en noviembre de 2013. Fue el "Maersk McKinney Möller", que en una posterior escala en APMT Algeciras, la del 26 de enero de 2015, batió el récord de carga mundial con 18.168 TEUs. También en 2015, en este caso el 9 de julio, el Puerto de Algeciras marcaba otro hito, cuando coincidieron dos de estos barcos en TTI Algeciras, el Triple E "Marit Maersk" y el "CMA CGM Marco Polo". En la actualidad la Autoridad Portuaria de la Bahía de Algeciras (APBA) continúa trabajando en mejorar los muelles para albergar a los gigantes del mar. Por ello, se ultiman las obras de refuerzo del último tercio del Muelle Juan Carlos I con el objetivo de que la alineación acoja a estos megaships.