El Comité Ejecutivo, órgano de gobierno de Ports de la Generalitat, estará integrado por el presidente o presidenta -actualmente Ricard Font, secretario de Territorio y Movilidad de la Generalitat-; el vicepresidente -Pere Padrosa, director general de Transportes y Movilidad; el gerente -Dolors Rodríguez- y cinco vocales, de los cuales dos son representantes de la Generalitat y designados por el titular del departamento competente en materia de puertos; dos vocales de las administraciones locales en representación de los municipios en cuyo término hay un puerto adscrito a Ports de la Generalidad, designados por las dos organizaciones de entes locales más representativos; y un vocal en representación de las entidades cuya actividad esté relacionada con las competencias de Ports de la Generalitat, designado por el Consejo Asesor de entre sus miembros, a propuesta del presidente. Este último cargo será rotatorio y con una duración de dos años.En la actualidad ejercen como vocales Lluís Angosto, Rosa Busquets y Francesc Vilaró. Y están pendientes de nombramiento los dos vocales en representación de los municipios.