La AP de Marín ha recibido el certificado UNE EN ISO 14001:2004 para su Sistema de Gestión Medioambiental (SGA). Este sistema es aplicable a la gestión de la utilización de instalaciones portuarias, la gestión de servicios generales y servicios portuarios, la gestión de dominio público portuario y la ejecución y mantenimiento de infraestructuras. Dentro de la política medioambiental de la Autoridad Portuaria se encuentran los compromisos de cumplimiento de los requisitos legales y otros requisitos suscritos en materia ambiental, los compromisos de mejora continua de la actuación ambiental o los compromisos de prevención de contaminación ambiental.
Así, entre otros aspectos,la Autoridad Portuaria además de promover el ahorro de consumo en sus instalaciones, el seguimiento ambiental de las obras o la operativa diaria ambientalmente sostenible, participa en varios proyectos de recogida selectiva y reutilización de residuos. El Puerto de Marín cuenta además con seis certificados de calidad para sus principales mercancías. Son reconocimientos otorgados por Lloyd's Register Quality Assurance, compañía acreditada por ENAC (Entidad Nacional de Acreditación y Certificación) y lo han recibido hasta ahora los tráficos de pasta de papel, madera, pesca congelada, contenedores, fruta y graneles agroalimentarios.