La certificación de calidad ISO 9001 y las ambientales ISO 14001 y EMAS se han conseguido en la sede de la entidad y en las 26 instalaciones portuarias que gestiona en la costa catalana. Estas certificaciones reconocen el esfuerzo de Ports de la Generalitat por mantener un sistema de gestión integrado de calidad y medioambiente.Esta herramienta de gestión define unos objetivos a alcanzar cuantificables, una planificación de los servicios y las actividades, una estructura organizativa a todos los niveles y una metodología definida a través de los procedimientos, las instrucciones y su evaluación.