El refuerzo de la seguridad constituye otro de los pilares estratégicos del documento. La Comisión constata un aumento de riesgos asociados al crimen organizado, el tráfico ilícito, la corrupción y las amenazas híbridas, incluyendo ciberataques y sabotajes.
La Estrategia propone intensificar la cooperación entre autoridades portuarias, aduaneras y fuerzas de seguridad, reforzar los controles basados en análisis de riesgos y mejorar el intercambio de información a escala europea. Iniciativas como la European Ports Alliance y la plena aplicación de la normativa NIS2 en materia de ciberseguridad ocupan un lugar destacado.
La Estrategia incorpora la resiliencia como un elemento transversal, subrayando la necesidad de que los puertos puedan garantizar la continuidad operativa ante crisis climáticas, energéticas o geopolíticas. Los puertos son identificados como infraestructuras esenciales para el suministro de bienes críticos y para el apoyo a la movilidad militar dentro de la UE.
En este contexto, la Comisión plantea reforzar redundancias, mejorar la planificación de contingencias y consolidar la integración de los puertos en la red transeuropea de transporte (TEN-T), prestando especial atención a las conexiones ferroviarias e interiores.