La línea que separa la protección del proteccionismo es, en muchas ocasiones, demasiado fina, tanto que a veces es tan imperceptible que la primera se confunde con el segundo, o éste se disfraza de la primera para justificarse. La errática evolución de los poderes públicos en este sentido tampoco ayuda, sobre todo teniendo en cuenta que son muy pocos los líderes políticos y de opinión los que saben diferenciarlas. La protección de la economía nacional tiene entre su principal objetivo fortalecer la industria local, pero sin necesidad de cerrar el mercado global. Por el contrario, el proteccionismo utiliza barreras como aranceles, cuotas e incluso subsidios para restringir el comercio exterior. Todo es cuestión de enfoque, finalidad e intensidad. A grandes rasgos, podríamos decir que la primera es más sutil e indirecta; el segundo no, ya que es intervencionista y directo.
Si bien es cierto que en ambos casos el Estado toma una parte activa, en la protección de la economía la Administración se vale de herramientas menos agresivas y que generan riqueza a más largo plazo una vez se han dejado de adoptar, como fomento y mejora de infraestructuras, o inversiones en I+D+i y educación, por poner dos ejemplos. Por contra, con el argumento de salvaguardar la producción nacional, el proteccionismo da un paso más estableciendo aranceles, cuotas a la importación y subsidios directos a la industria. Estas medidas, en cuanto son retiradas, dejan de tener efecto y dejan a los sectores a los que pretendían proteger en la misma situación de indefensión. Es cierto que a corto plazo y en un período concreto son más efectivas, pero también lo es que, a la larga, resultan mucho más perjudiciales. Conclusión: todo proteccionismo implica una protección, pero no así a la inversa. En la mayoría de los casos, la protección busca una mayor competitividad de los sectores económicos de un país, mientras que el proteccionismo, lo que persigue, es evitar esa competencia.